Hileleri aktif hale getirmek için [é] tuşuna basın ve exec cheats.cfg yazıp [Enter]'a basın. Kullanmak için de oyun sırasında aşağıdaki harflere basın:
G - Jetpack ve forcefield hariç herşeyi verir H - Cephaneyi doldurur J - Jetpack F - Forcefield L - Ekstra hayat K - Self-destruct (kendini yoketme) I - Ölümsüzlük P - Pause (Matrix-stili)
Konu: Duke Nukem: Manhattan Project 
